Walsegg gróf megbízását már nem tudja teljesíteni:  gyászmisét rendel tőle, a Requiem komponálása közben azonban váratlanul meghalt, és csupán a Lacrimosa-tétel bevezetőjéig jutott el a zeneszerző. Később tanítványa, Franz Xaver Süssmayr fejezte be. Mozart 1791-ben, Bécsben hunyt el.

Mozart betegsége és halála kényes témák: a romantikus legendák és ellentmondó állítások különösen nehézzé teszik a tisztánlátást. A zenetörténészek különböző véleménnyel vannak afelől, miként romlott meg a zeneköltő egészségi állapota. Különösen vitatott, hogy mikor ismerte fel halála fenyegető közelségét, illetve, hogy ez mennyiben befolyásolta a késői darabjait. A romantikus álláspont szerint Mozart állapota fokozatosan romlott, és művei tükrözik a fokozatokat. Manapság azonban néhány zenetörténész, fölhasználva Mozart utolsó évében folytatott levelezését, azt állapította meg, hogy Mozart jó hangulatban volt; családja és barátai számára megdöbbentő módon, hirtelen halt meg, a Requiem írása közben, amelyet egy titokzatos, meg nem nevezett megrendelőjének komponált, mint később kiderült a megrendelő Franz Walsegg-Stupacch gróf volt.

Mozart halálának közvetlen oka a halotti bizonyítvány szerint is vitatott. A legvalószínűbb a higanymérgezés vagy reumatikus láz. Az egyik feltételezés az volt, hogy Mozarttal a szabadkőművesek végeztek, mivel A varázsfuvolával túl sok szabadkőműves titkot árult el.

A legenda szerint Mozart halálakor koldusszegény volt és mindenki elfeledte, és amikor meghalt, szegények közös sírjába temették, koporsó nélkül. Valójában, még ha nem volt is olyan népszerű Bécsben, mint néhány évvel azelőtt, továbbra is jól fizető állása volt az udvarban és számos megrendelést kapott Európa különböző részeiből, különösen Prágából. Való igaz, hogy fennmaradtak segélykérő levelei, de ezek nem annyira szegénységének, hanem annak bizonyítékai, hogy mindig többet költött, mint amennyit keresett. Constanze költekezési hóbortja vitte romlásba a rossz nyelvek szerint. Nem tömegsírba, hanem szabályos közsírba temették az 1783-as törvények alapján. Rendes temetést feleségének hanyagsága és a borzalmas hófúvás miatt nem rendeztek. Ma jelképes emlékműve áll Bécs temetőjében.