Puskás Ferenc 1967-től edzőként kezdett tevékenykedni. Elsőként a spanyol Hércules Alicante csapatánál, majd az Egyesült Államokban (San Francisco Gales) és Kanadában próbált szerencsét. Ezután visszatért Spanyolországba, a Deportivo Alavéshez, ahonnan egy év után Görögországba távozott.

1970 és 1974 között a Panathinaikosz Athénnál dolgozott, amely edzői pályafutása legnagyobb sikere volt. A csapat 1970 és 1972 között kétszer megnyerte a görög bajnokságot, 1971-ben pedig a klub, történetében először, döntőt játszott a BEK-ben. Bár győzelmet vártak, a végjátékban mégis a Johan Cruijff vezette Ajax Amsterdam csapata győzött 0:2-re.

A következő években Spanyolországban (Real Murcia), Chilében (Colo Colo), majd Szaúd-Arábiában a válogatottnál edzősködött, ezután pedig visszatért Görögországba az AEK Athénhoz. 1979 és 1984 között az egyiptomi al-Masri Klub edzője volt.

1989 és 1991 között újabb edzői sikereket könyvelhetett el. Irányításával az ausztrál South Melbourne Hellas bajnoki címet és kupagyőzelmet szerzett.