2006 szeptemberében a Nemzeti Sport arról számolt be, hogy Puskás súlyos tüdőgyulladással és magas lázzal az intenzív osztályra került. Állapota az elkövetkezendő hetekben nem javult, végül 2006 november 17-én reggel 7 órakor légzési és keringési elégtelenség következtében elhunyt. A legendás Aranycsapatból mindössze ketten élték túl, Grosics Gyula és Buzánszky Jenő. December 9-én nagy állami szertartással, a nemzet halottjaként temették el a budapesti Szent István-bazilikában. Erre a napra a kormány nemzeti gyásznapot rendelt el, és a temetést több tévé és rádió is közvetítette.

"Életét a labdarúgásnak szentelte, igazi barát és sportember volt a pályán és a pályán kívül. A pályán zseni, az életben ember tudott maradni. Beírta nevét abba az „Aranykönyvbe”, amely a magyarok nagy cselekedeteit és világörökségét rögzíti. Ez megőrzi nevét örökre a XXI. század és a jövő évezredek magyarjai számára."     

– Buzánszky Jenő