Nevét a 14. században kapta Árpád-házi Margit hercegnőről, IV. Béla király lányáról, aki a királynak a tatárjárás alatt tett fogadalmához híven a Domonkos-rend apácakolostorában élt itt a 13. században.

Nevezték még Szent András szigetének is, majd pedig az ott levő ájtatos hajlékok után Boldogságos Szűz Mária vagy röviden Boldogasszony szigetének. A törökök, valószínűleg az ott élt és a magyarok által sűrűn emlegetett, de onnan elmenekült apácák után Lány-sziget, Kyszadaszi néven emlegették, ha szó esett róla.

A Nyulak szigetének latin elnevezése Insula leporum volt. A legenda szó szerint azt írja, hogy a Boldogasszony szigete „annak előtte mondatik vala Nyulak szigetének”. Az Insula leporum valóban fordítható így is a latin lepus (’nyúl’) szó alapján, de a szerkezet származhat a lepor (’ékesség, dísz’) szóból is, ez esetben jelentése: Ékességek szigete. Trogmayer Ottó régész szerint a nyulak szigete elírás is lehet, hiszen a latin név egy betű kihagyásával (hibás másolásával) keletkezhetett a leprások szigete latinul: Insula leprorum szóból is. Az itt épült ispotályok és a terület várostól elszigetelt volta valószínűsíti a régész feltevését.

A 19. század elején Palatinus-, vagy magyarosan Nádor-szigetnek hívták. 1809-től újra Margitszigetnek nevezik, bár egy ekkor írt cikkben még megemlítették korábbi nevét is (Nádor-sziget), amely József nádor élete végéig (1847) használatban maradt.

Közigazgatási értelemben (mint városrészt) egybeírják, természetföldrajzi értelemben (mint szigetet) pedig kötőjellel. Ha nem lehet eldönteni, hogy melyik értelmezésről van szó, hagyományosan az egyszerűbb megoldást, az egybeírást javasolják.