A krokodil fogai nem ránőtt fogak, mint a többi hüllőnél tapasztalhatjuk, hanem valódi gyökeres fogak, beleékelődnek az arckoponyába. A foggyökér mindig csak egyszerű. Rágásra nem alkalmasak, csak az áldozat megragadására és darabokra tépésére. Minden fog egyforma alakú, kúpos, csak kissé görbül hátra. Különbség a fogak méretében van. Ha egy fog letörik az alatta lévő pótlófog kinyomja az eredeti gyökerét, és előbújik az új fog. Egy krokodil akár negyvenszer is kicserélheti fogait. A felső állcsont szájpadlása erősen elcsontosodik, ezzel védve az agyat a nagyobb falatok egészben való lenyelésekor.