Harmincévesen visszatért a szülővárosába, ahol a mezőgazdálkodásnak élt, és mint városi és kollégiumi pénztárnok hivatalnokoskodott. Kiadta a Magyar Füvész könyvet. Megírta a Lúdas Matyi első változatát, majd később átdolgozta és kiadta Bécsben. Családi életéről nagyon keveset tudunk; feleségül vette Weszprémi István, a híres debreceni orvos egyik leányát, aki gyermek nélkül nemsokára özvegyen hagyta, majd Fazekas egyik nővére társaságában lakott. Különösen szerette a botanikát, és emellett verselgetett is. A füvészetre két sógora, Földi János és Diószegi Sámuel buzdították. 1807-ben egyházi gondnokká is megválasztották. A debreceni körnek is tagja volt; Csokonai Vitéz Mihály csaknem mindennapos volt Fazekas házánál, és Kazinczy Ferenccel jó barátságban volt és leveleztek is. Kazinczy Csokonai munkáinak kiadásánál Fazekast választotta maga mellé szerkesztőtársnak; az ebből keletkezett Árkádia-perben, amely a Hazai és Külföldi Tudósításokban évekig tartott, a debreceni közvéleményt Fazekas képviselte, s ő harcolt a lapban Kazinczy ellen, habár névtelenül. Fábián Gábor szerint a Mondolat megírásában is volt része. Utolsó éveiben sokat betegeskedett, a katonaság okozta csúzos bántalmakhoz még makacs gyomorbaj is járult. Végül 1828-ban betegségben elhunyt Debrecenben
