Beethoven sokat betegeskedett, kiváltképp húszas éveinek közepétől, amikor is komoly hasfájásoktól kezdett szenvedni.

1826-ban egészségi állapota drasztikusan megromlott. A következő évben bekövetkezett halálát májbetegségnek tulajdonítják, bár Beethoven halálának idejéből származó hajmintáin végzett modern kutatások azt mutatják, hogy ólommérgezés is hozzájárulhatott gyengélkedéseihez és idő előtt bekövetkezett halálához (az ólom szintje több mint 100-szorosan múlta felül a mai embereknél mért szintet). Az ólommérgezés forrásai az erősen szennyezett Duna vizéből származó hal, illetve a borok édesítésére használt ólom keverékek lehettek. Azonban az valószínűtlen, hogy ólommérgezés okozta volna süketségét, amit számos kutató szerint valamilyen immunrendszeri rendellenesség okozhatott, mint például a systemic lupus erythematosus. A haj elemzése nem mutatta ki higany jelenlétét, ami megerősíti azt a nézetet, mely szerint Beethoven nem szenvedett vérbajban (ezt ekkoriban ugyanis higanykészítményekkel kezelték). A bódítószerekre utaló jel hiánya arra enged következtetni, hogy Beethoven kerülte az ópiumtartalmú fájdalomcsillapítók használatát.