A sikeres angliai utazások után Haydn ismét az Esterházyak szolgálatába állt: az új gazda, az egyházi zenét kedvelő II. Miklós évi egy misét rendelt az idős mestertől, a hercegné névnapjára. Az 1796 és 1802 között született hat mise közül talán a „Nelson” a legnépszerűbb. Haydn a drámai hangvételű, nagyszerű Nelson-misét 1798-ban írta; ő még – a napóleoni háborúkra utalva – a „Missa in angustiis” (Mise a szorongattatás idején) alcímet adta neki, de később az angol admirálisról nevezték el művét, mivel Haydn állítólag akkor írta a Benedictus híres győzelmi fanfárjait, amikor az abukiri győzelemnek hírét vette. Két évvel később Nelson ellátogatott Kismartonba, ahol ezt a művet adták elő a tiszteletére; Haydn hagyatékában pedig megtalálták a csata térképvázlatát.