A mongolok sikeresen átkeltek a Dunán, kihasználva, hogy a szokatlanul hideg tél miatt az befagyott, és a magyarok hiába próbálták a jég feltörésével megakadályozni az átkelést.

Mialatt a király Ausztria felé menekült, a mongolok sikertelenül próbálták bevenni Győr, Pannonhalma és Székesfehérvár erődítményeit.

A mongolok egy része, Kadán vezetésével a sebesült Kálmán herceget és az Ausztriából hazatérő Béla királyt üldözte Segesd, Varasd, Kemlék, Csázma, és Zágráb irányába, de egyetlen várat sem vettek be, részben azért is, mert a menekülő Béla királyt akarták elfogni, és az ostromok több időt igényeltek volna.

IV. Béla Zágrábból értesítette a pápai udvart a muhi csata véres veszteségéről.

A krónikák szerint IX. Gergely megsiratta Magyarországot, és a domonkosokon keresztül keresztes hadjáratot hirdetett a tatárok ellen, azonban tényleges segítséget nem nyújtott az országnak, hiszen túlságosan lefoglalta a II. Frigyes ellen vívott háború.

Béla király az Adriai-tenger partmellékén található Trau szigeti várában húzta meg magát, amelyet Kadán csapatai nem tudtak elfoglalni, ezért folytatták útjukat délkelet irányába, és Bosznián át távoztak az országból.

A megrémült IV. Béla 1241 júniusában követei útján hűbéri esküt tett II. Frigyes német-római császárnak, cserébe a katonai segítségért, de ez utóbbi soha nem érkezett meg. (Pár évvel később a pápa ez alól az eskü alól felmentette.)